Axit malic có mặt trong chu trình Hatch-Slack, tức pha tối của quá trình quang hợp ở các cây C4. Nó đóng vai trò là kho dự trữ CO2, khiến cho nồng độ CO2 trong tế bào mô giậu luôn cao mặc dù nồng độ trong khí quyển thấp. Cùng với hoạt tính mạnh của enzim PEP-cacboxilaza nên cây C4 không có hô hấp sáng. Chính vì vậy, các cây này có năng suất cao (ngô, mía..)

Axit malic tạo nên vị chua của táo.